Entwicklung neuer Diagnose- und Prognosewerkzeuge auf Basis der optischen Kohärenztomographie (OCT)
Unserer Arbeitsgruppe konzentriert sich auf die Entwicklung optischer Bildgebungstechnologien und deren Anwendung in der biomedizinischen Forschung. Unsere aktuelle Arbeit wird von der Notwendigkeit besserer und zuverlässigerer Methoden für die medizinische Diagnostik sowie vom Wunsch angetrieben, grundlegende biologische und medizinische Forschungsfragen zu verstehen. Zu diesem Zweck entwickeln wir unsere eigenen optischen Bildgebungssysteme und -techniken, die in erster Linie auf der optischen Kohärenztomographie (OCT) basieren.
Zu den Techniken, die wir in unserem Labor einsetzen, gehören polarisationsempfindliche OCT (PS-OCT), kontrastmittelverstärkte OCT (CE-OCT), optische Kohärenzelastographie (OCE), OCT-Angiographie (OCTA), multimodale Fluoreszenzbildgebung und verschiedene funktionelle OCT-Methoden.
Wir verwenden diese maßgeschneiderten Bildgebungssysteme und -methoden für die präklinische Bildgebung in Längsschnittstudien von Augen- und Hirnerkrankungsmodellen, um Krankheitsverläufe besser charakterisieren zu können, sodass bessere diagnostische Indikatoren für die Klinik entwickelt werden können.
Über die präklinische Forschung hinaus entwickeln wir derzeit auch ein neuartiges optisches Bildgebungssystem zur Charakterisierung von Gewebeproben für eine personalisiertere medizinische Behandlung.
Forschungsbereich
Gruppenmitglieder
Gruppenleiter
Bernhard Baumann
Derzeit karenziert
Conrad Merkle
T +43 (0)1 40400-39345
Mitglieder
Georg Ladurner
Lucas May
Yash Patel
Fernando García Ramírez
Theresa Rohrmoser
Maria Varaka
Sybren Worm
- Marco Augustin
- Prajakta Belekar
- Pablo Eugui
- Stanislava Fialová
- Johanna Gesperger
- Lisa Greutter
- Danielle J. Harper
- Antonia Lichtenegger
- Konrad Leskovar
- Martina Muck
- Zoe Neuburger
- Carlos Reyes
- Maryam Salehi Ravesh
- Johannes Schirmer
- Simon Strehn
- Matthias Wechdorn
- Total Optical Coherence Characterization for Automated Tumor Analysis – TOCCATA (2025-2030)
European Research Council (ERC), PI Conrad Merkle - Optical imaging platform for high-throughput longitudinal studies of the eye in disease models – OPTIMEYEZ (2023-2025)
European Research Council (ERC), PI Bernhard Baumann - Deciphering nanoscale tissue motion (2022-2026)
Austrian Science Fund (FWF), PI Bernhard Baumann - Improved Biomarker Detection for Eye Disease with CaSE-OCT (2022-2026)
Austrian Science Fund (FWF), PI Conrad Merkle - Optical imaging of ocular pathology in Alzheimer’s disease – OPTIMALZ (2015-2020)
European Research Council, PI Bernhard Baumann - Preclinical imaging of the rodent eye with multi-functional optical coherence tomography (2013-2018) Austrian Science Fund (FWF), PI Bernhard Baumann
Ausgewählte Publikationen
Komplette Liste der Publikationen
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B. Baumann, A. Woehrer, “Polarization-insensitive optical coherence tomography based on partly depolarized light,” Optics Letters, 48 (13), 3499-3502 (2023)
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C.W. Merkle, M. Augustin, D.J. Harper, M. Glösmann, B. Baumann, „Degeneration of Melanin-Containing Structures Observed Longitudinally in the Eyes of SOD1−/− Mice Using Intensity, Polarization, and Spectroscopic OCT,” Translational Vision Science & Technology 11 (10), 28-28 (2022)
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A Lichtenegger, B Baumann, Y Yasuno, “Optical Coherence Tomography Is a Promising Tool for Zebrafish-Based Research—A Review,” Bioengineering 10 (1), 5 (2022)
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B Baumann, CW Merkle, M Augustin, M Glösmann, G Garhöfer, “Pulsatile tissue deformation dynamics of the murine retina and choroid mapped by 4D optical coherence tomography,” Biomedical Optics Express 13 (2), 647-661 (2022)
PhD theses
- Gesperger, Johanna, Optical imaging and digital pathology for brain disorders, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2021.
- Eugui, Pablo, Advanced methods for tissue scattering characterization with optical coherence tomography, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2020.
- Harper, Danielle J., Depth-resolved multi-contrast retinal imaging with high axial resolution, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2020.
- Lichtenegger, Antonia, Multimodal visible light optical coherence microscopy for ex vivo brain imaging, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2020.
- Augustin, Marco, Multi-Functional Optical Coherence Tomography for Preclinical Retinal Imaging, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2018.
- Fialová, Stanislava, High resolution polarization sensitive optical coherence tomography for ocular imaging in small animals, PhD thesis, Medical University of Vienna, 2016.
Master and diploma theses
- Neuburger, Zoe, Diagnostic validity of visible light optical coherence microscopy data compared to histological data taken from Alzheimer’s disease mouse brain tissue, MD thesis (co-supervised by Antonia Lichtenegger and Bernhard Baumann), Medical University of Vienna, 2019.
- Wechdorn, Matthias, In vivo Imaging von retinalen Neovaskularisationen im Mausauge, MD thesis (co-supervised by Marco Augustin and Bernhard Baumann), Medical University of Vienna, 2019.
- Strehn, Simon, Mehrschichtige Streuphantome für die optische Kohärenztomographie, MSc thesis (co-supervised by Martin Gröschl and Bernhard Baumann), TU Vienna, 2017.
- Schirmer, Johannes, Quantitative Messung der Melaninpigmentierung in Rattenaugen, MD thesis, Medical University of Vienna, 2016.